Na území města jsou nebo do něho zasahují tři evropsky významné lokality.
Heřmanický rybník
Na severovýchodě do území města zasahuje evropsky významná lokalita Heřmanický rybník, soustava vodních nádrží s rozsáhlými porosty rákosin. Tůně a bažiny na okraji rybníka jsou biotopem čolka velkého.
Děhylovský potok – Štěpán
Na rozhraní města a obce Děhylov leží evropsky významná lokalita Děhylovský potok – Štěpán. Tvoří ji vodní a mokřadní biotopy mělkého rybníka Štěpán a Děhylovský potok s výskytem celé řady chráněných druhů rostlin a živočichů.
Poodří
Největší rozlohu ze všech chráněných území soustavy Natura 2000 na území Ostravy má evropsky významná lokalita Poodří. Tvoří ji pestrá mozaika společenstev vodních toků, lužních lesů, luk, rybníků a trvalých i periodických tůní a močálů, které vytvářejí velmi příznivé podmínky pro trvalou existenci celé řady chráněných a ohrožených druhů rostlin a živočichů.
-
- Údolní niva
Další evropsky významné lokality na území správního obvodu obce s rozšířenou působností Ostrava
Evropsky významná lokalita Mokřad u Rondelu, která z východu zasahuje na území Šenova, je významnou lokalitou výskytu čolka velkého a dalších obojživelníků v rámci širšího regionu. Území ležící v nivě řeky Lučiny je tvořené vodními plochami a mokřadními biotopy.
Evropsky významná lokalita Václavovice – pískovna nacházející se na pomezí Václavovic a Šenova je tvořena několika vodními nádržemi v pokročilém stádiu zazemnění vzniklých po těžbě písku obklopených porosty dřevin. Jedná se o významné rozmnožiště čolka velkého.
